电闪雷鸣的深夜，孤独千年的书店店长老白，照例给一些读者免费送上一杯“深夜牛奶”，时钟快要指向凌晨整点，老白叹了口气转身进入了书店内间。书店中传出盘旋攒动的哀嚎，凡进过此间书店的人，都像吸了毒一样频繁光顾，更有甚者，称其能让人脱胎换骨，重新做人。不过也有流浪汉称，“深夜书店”里的书会吃人，据说还是亲眼所见……

影片讲述了茅山道士陆十一奉师命下山寻找门派丢失的《奇门遁甲大全》，却遇上了深夜书店的店长吴秀波，与此同时也发现了本门遗失的法术秘籍，两人展开了拉锯式的争夺战。一心驱魔卫道的陆十一下山后频频遇到怪事，然而他却选择用无边法力和善心度化一个又一个屈死冤魂。最后，陆十一不但进入人间道，更将深夜书店继承了下来。

该片为深夜书店系列电影第四部，讲述通过未来科技迷途知返的三个年轻人的励志故事。故事以深夜书店为引线，通过问题少年、被老板、网贷为切入点，体验身临其境的脑洞世界，营造“接地气”式的真实感，讲述了三个不同的爱情故事。

本片共三个故事。 故事一，唐朝。鳐县人喜食野味终日伤害生灵杀生造孽，以至肉市血水常年浸入地下引来‘恶物’盘踞，食人幼子祸害乡邻，全县人心惶惶，某日神秘客‘十三’游方至此，挺身而出为百姓除妖解难，终保一方百姓平安。 故事二，明朝。某富家小少爷挥霍任性糟蹋粮田，惹得民怨四起，众农户敢怒不敢言，终一日，小少爷不思悔改变本加厉惹来天怒人怨，神秘客‘十三’再度现身，平民怨，解天怒，点破玄机度世救民。 故事三，民国。富豪杨老板重男轻女对幼子溺爱无度，惹来女儿妒忌，为博双亲疼爱谎称可见鬼魅，从此以谎盖谎终酿大祸，惹得全城上下谣言四起，神秘客‘十三’途经小城洞悉真相，为杨老板一家化解心结，为小城平息骚乱。

清朝末期，西方列强暗中窥探，恃强霸权，百姓民不聊生。此时民间天降“神谕”，传言大清要亡。恰逢此时顾命大臣接连暴毙，更是加以佐证“神谕”。为堵住悠悠众口，皇上决定举办祭天仪式，并暗中任命侥幸存活的九门提督富察·御恒秘查此案。 富察·御恒自知此案件的严重性，稍有差池，必定朝廷动荡。只好去请自己好友前武状元、现丐帮帮主苏灿寻求帮助，事情的严重性再加之富察·御恒软硬兼施，苏灿答应介入。但接下来意外接踵而至，先是苏灿和富察·御恒频遭暗杀，紧接着多名大臣暴毙，且相同都是肉身尽被腐蚀。刺客皆善用幻术，手段残忍，滥杀无辜，令苏灿意识到此事棘手，背后必定隐藏着一个惊天秘密......

由于基因突变，两兄弟中，弟弟从小体温异于常人，拥有着冰系超能力，而哥哥拥有的则是火系超能力，阴差阳错兄弟二人被分开。哥哥被收养他的日本人培养成了一个强大的杀手，同时中国的一个神秘组织也在联系着弟弟。哥哥受命劫持了弟弟的恋人，再次见面时两人成为了敌人，大打出手之间哥哥认出了弟弟小宇，经历了种种，最终两兄弟顺利相认并联手打败了敌人。

民国十三年，雁城有个打更人，名叫胡樊。打更人是个神秘而古老的职业，除了巡夜报时的工作外，还负责处理在深夜出没的邪祟之物。近日，雁城频频发生凶杀案和失踪案，警察署束手无策，于是去找民间懂法术的胡樊来出马...

公元1664年（崇祯十七年）三月十八，闯王李自成率领大顺军攻克北京推翻明王朝，明崇祯帝煤山上吊，留下惠妃和公主。被阉割后拥有超能力的明朝太监大宝负责照顾两个女孩，开始了寻找大宝的“宝贝”之旅。三人一路艰辛曲折，最终战胜恶敌，大宝找回自己的“宝贝”，变回了男人，并和惠妃得有一子，取名“小宝”。 

茅山派传人积极抗击倭寇，保家卫国为己任，为阻止倭寇的恶行，除奸惩恶，舍生取义的精神感染了百姓，百姓的民族使命感被唤醒，拿起武器团结一致，终于将倭寇消灭。茅山派传人的爱国行为和民族大义精神，值得人们学习和赞扬。茅山派传人所秉承的道教教义旨在教导人们平和心态，指导人与人之间和谐相处，自强不息的建设美好家园，弘扬积极的道教文化，有利于构建社会主义和谐社会。道教所提倡的 “善道教化”、“苦行济世”的训诫，意在激励人们多行善举，行善济世能使自我生命具有超越自我的意义。

影片取材自深井怨灵灵异事件。五个同一公司的青年参加公司的野外测试，却鬼打墙般地困在一口诡异的枯井边，枯井边异象丛生，怨灵乍现，五个年轻人都在枯井中看到了可怖的景象，五人纷纷陷入到无尽的恐怖循环之中，绝望的恐惧吞噬着他们，这口怨气极重的枯井到底隐藏了一段怎样的惊人的经历……