故事发生在二十一世纪末，彼时，魔法早就已经不再仅存与神话和传说之中，而是同科学与超能力融合，成为了人尽皆知的存在。国家甚至成立了魔法大学附属第一高校，专门培养此方面的人才，以便更好的为国家效力。司波达也（中村悠一 配音）和妹妹司波深雪（早见沙织 配音）是魔法高校的新生，深雪是能力优秀的“花冠”，而达也则是作为其替补的二科生“杂草”。在学园中，兄妹两人结识了许多有趣的同伴们——个性大大咧咧不拘小节的千叶艾丽卡（内山夕实 配音）、文静胆小的柴田美月（佐藤聪美 配音）、正直勇敢的西城雷欧哈鲁特（寺岛拓笃 配音）、认真努力的吉田干比古（田丸笃志 配音），在学习的过程中，存在于学园之中的秘密也在逐渐揭晓。

冷酷无情的邪恶组织参谋，某天遇见了与之对抗的魔法少女，然后对魔法少女一见锺情了。从此邪恶参谋在策划统治世界时也不忘买甜点蛋糕送魔法少女吃、在计划奴役人类时也不忘关心魔法少女、在壮大邪恶组织势力的同时也不忘和魔法少女打情骂俏。同事来帮忙就扯同事的后腿、部下抓住魔法少女就放 走魔法少女，一场最残忍最傲娇最悲戚最可爱的正与邪的搞笑战斗，在此揭开序幕！

著名的大文豪在那个夜晚，与他心爱的人来到玉川上水。为了亲自了结他"可耻的生涯"。然而在此同时，那台惯例的卡车突然出现…这位作家来到异世界，按道理应该获得特殊的"神授之力"，结果他的状态列居然是前所未有的劣等。"你没有在这里活下去的才能，甚至没有那个资格！"在异世界也同样失格的作家，他崭新的冒险故事，在这里开幕。

在“超高校级的绝望”带来的“人类史上最大最恶的绝望事件”之下，世界陷入了濒临崩坏的绝境。为了拯救这个充满绝望的世界，“未来机关”由原希望峰学园的校长与师生们集结而成了。其中就包括了曾经打倒了江之岛盾子的苗木诚等78期生。他们在此继续复兴世界的活动，但苗木却被以 庇护“绝望的残党”这一罪名遭到了众人的怀疑。未来机关众人为了苗木的处分而聚集在一起时，却遭到黑白熊的监禁，并被要求进行“最后的自相残杀”。他们的手臂被戴上了奇妙的手环，过了一定时间就会被投以安眠药。不止如此，这其中还存在着“背叛者”，是为了杀掉未来机关而来的人。“为了生存下去，非得找出背叛者并杀掉不可”。不存在“学级裁判”这一规则的自相残杀。杀或者被杀，在这极限状态的死亡游戏中，苗木诚等人被逼入绝境。希望杀死希望的绝望物语开始了。　　【主要出场人物】苗木诚（未来机关第十四支部所属）、雾切响子（未来机关第十四支部支部长）、朝日奈葵（未来机关第十三支部所属）、雪染千纱（未来机关第五支部支部长）、宗方京助（未来机关副会长·第二支部支部长）、天愿和夫（未来机关会长·第一支部支部长）。