这是一个魔法少女的存在获得了认可的世界。一款名为《魔法少女育成计划》的游戏能够万里挑一制造出真正的魔法少女，而等待着这些幸运女孩们的，将会是万人的仰慕和光明的前途。然而，某一日，运营方忽然宣布要将魔法少女的数量削减一半，而方法，竟然是让现存的魔法少女进行残酷的竞赛。天真善良的少女白雪（东山奈央 配音）、外冷内热的忍者波纹（沼仓爱美 配音）、背负着巨剑的圣少女（佐仓绫音 配音）、骑着扫帚大大咧咧的最高速（内山夕实 配音）、百发百中的神枪手灾厄玛丽（井上喜久子 配音），在这些被吉祥物法布（间宫胡桃 配音）选中的魔法少女们之间，一场大战即将拉开序幕。

音无结弦（神谷浩史 配音）死后来到了死后的世界。醒来后发现在一座学校里，一名叫仲村由里（樱井浩美 配音）的女孩让他加入“无法容忍死掉战线”组织，简称SSS。他们的任务就是要和敌人——神的代表学生会长天使立华奏（花泽香菜 配音）作战。由里是这条战线的领袖，只要反抗天使就能继续存在，消灭天使就能获得世界。还没恢复记忆的音无只好答应加入她们的组织，但是他发现天使刀枪不入，他们都是不会受伤和死亡的。所谓敌人和战斗都是针对天使立华奏一个人的。音无还没恢复记忆，他不清楚这样的行为是不是正当的。真相慢慢被揭穿，年轻的生命们早早夭折，到底是神的恶意玩笑还是另有安排....

成神阳太（花江夏树 配音）是一位非常平凡的男子高中生，正在享受他高中生涯里的最后一个暑假。一天，正在篮球场打球的阳太邂逅了一位名叫佐藤雏（佐仓绫音 配音）神秘少女，少女告诉了阳太一个惊人的消息——“30天后，世界就会毁灭”。阳太收留了无家可归的雏，虽然对她的暴言半信半疑，但雏所展现出的准确的预知能力让阳太渐渐开始相信她所言非虚。个性沉稳成绩优异的伊座并杏子（石川由依 配音）、外表看似冷淡但实际上有着一副热心肠的国宝阿修罗（木村良平 配音）、总是懒懒散散大大咧咧的成神空（桑原由气 配音），雏很快就交到了一群好朋友。

在某国立大学念书的花（宫崎葵 配音）与偶然来校旁听的男子（大泽隆夫 配音）坠入爱河，即使对方是一名狼人，她也义无反顾投入对方怀抱。此后的岁月里，花先后生下女儿小雪和儿子小雨。谁知厄运突然降临，温柔的丈夫撒手人寰。柔弱而坚强的花竭尽全力抚养两个孩子长大，吃穿用度，衣食住行 ，无一不牵扯她的心思。而子女狼人的身份也迫使他们离开繁华大都市，前往宁静的山野乡村求生。他们在一栋古旧的民房内落脚，小雪顽劣张扬，小雨纤细内敛，姐弟俩以狼的身姿穿行于深山密林，享受着前所未有的快乐与自由。在此期间，以韭崎爷爷（菅原文太 配音）为代表的村民也给花一家带来无微不至的关怀。小雪和小雨渐渐长大，他们也终于迎来决定身份和前路的重要时刻……本片荣获第34届横滨电影节评委会特别奖和第36届日本电影学院奖最佳动画电影奖。