为了挫败穆帝国称霸世界的野心，前日本海军秘密建造的一艘海底战舰在水下、空中和地下航行。海底战舰击败了穆帝国的守护神曼达，最终抵达了帝国的心脏！被毁灭的穆帝国女王的举动也令人动容，堪称一部百看不厌的不朽科幻电影。

　哥斯拉突然從北極的冰中出現！哥斯拉擊沉核潛艇海洋號，更破壞北極的軍事基地後開始南下。同樣的時候，在太平洋製藥宣傳部，那公司為提高節目的收看率打算使用發俄島上的魔神，櫻井和古江的兩名宣傳人員便去了發俄島。他們發現島上出現的魔神就是金剛。於是把他弄暈帶到日本，不久在運送金剛的船遭日本政府攔截，但那時金剛突然從麻醉中甦醒，在運輸船上跑出來，游向日本，而且更在那須高原初次與哥斯拉對決。第1回合以哥斯拉的放射火焰取得勝利，金剛被打敗嗎？