魔法使一族的野心使他们为了获取更强的力量，促使他们唤醒了不该唤醒的东西，世界的毁灭近在眼前。只有最强的魔法使公主锁部叶风（泽城美雪 配音）才能阻止这一切的发生，但被部下锁部左门（小山力也 配音）暗算的叶风被困在了施了结界的无人岛上。高中二年级学生泷川吉野（内山昂辉 配音）的好友不破真广（丰永利行 配音）的妹妹不破爱花（花泽香菜 配音）被入室抢劫犯所杀，但是真广却认为妹妹的死疑点重重。为了调查妹妹的死因，真广通过海上的漂流人偶和锁部叶风达成秘密交易。真广在失踪一个月后，在大雪的冬日伴随着漫天的蝴蝶突然从天而降。与此同时，可怕的“黑铁病”在整个日本蔓延开来。真广到底和魔法使公主结下了什么样的契约，而他到底带着怎样的使命来到这个世界？

2013年，都市NO.6。这里是一个没有犯罪，没有疾病，没有战争，没有所谓痛苦和怨恨的理想国度。一直这么认为的12岁天才少年紫苑（梶裕贵 配音）和母亲住在NO.6的高级住宅区，在一个暴风雨的夜晚邂逅了颠覆他世界观的人——伤痕累累，有戾气的少年老鼠（细谷佳正 配音）。对老鼠感到好奇和好感的紫苑不但没有感到害怕还救了老鼠，结果被认为窝藏嫌疑犯，被剥夺了所有特权，继而沦为了公园管理员。经历了这场变故的紫苑对所生存的理想世界产生了怀疑，城市里也频繁发生恐怖的死人事件。而这些事件和NO.6有着千丝万缕的联系，愈发困惑的紫苑不知自己已处在生死边缘，在关键时刻，被四年不见的老鼠所救，来到了NO.6外圈的贫民区。在这里，紫苑逐渐认识到了NO.6的真相，而危险远没有离开他们……